《星空奇迹》的故事讲述了憧憬着恋爱和星空的天文部成员梢。在暑假，独自踏上了天体观测的旅途。“有谁在呼唤着我……”这样的不可思议的心情和那闪耀着光辉的陨石碎片，激励着梢继续旅行。答案一定就在星星之中……在旅途之中的天文馆，…

在一个与现实相背的『逆日本』的空间，每隔44年就会打开一次“妖逆门”释放出大量的妖怪，一位神秘的（故事主人公）少年多闻三志郎将在这里展开异想天开的热血奇异冒险。